На станции Исилькуль  началось строительство таможенного терминала. Терминал будет расположен рядом со зданием железнодорожного вокзала.

Строительство идет в рамках федеральной целевой программы «Государственная граница РФ 2003-2010г.г.».

Проект реконструкции и развития пограничной станции был разработан в 2007 году. В планах на 2008 год на станции Исилькуль предусмотрено подведение всех необходимых коммуникаций, развитие хозяйственного блока пункта пропуска и начало строительства объединенного здания иммиграционного контроля с залом досмотра пассажиров, прибывающих в РФ из Республики Казахстан, а также строительство административно-бытового корпуса для пограничников.

Кроме того, в рамках этой программы на станции уже ведутся монтажные работы по установке системы «Смотровая вышка», которая будет осуществлять видеоконтроль подвижного состава, качества грузов и условий погрузки  с возможностью архивирования видеоизображения.

Предполагается, что реализация данного проекта позволит в разы увеличить пропускную способность железнодорожного пункта пропуска Исилькуль и улучшить качество обслуживания пассажиров.